Evolución estructural y dinámica molecular de la proteína limoneno en cítricos

Abstract

La investigación analizó la evolución estructural y dinámica molecular de la proteína limoneno sintasa en Citrus sinensis, Citrus japonica y Citrus limon, contribuyendo al Objetivo de Desarrollo Sostenible (ODS) 15: Vida de ecosistemas terrestres, al generar conocimiento sobre la biodiversidad molecular de estas especies cítricas. Las estructuras proteicas fueron modeladas con Modeller y se verificó su calidad estereoquímica mediante Molprobity. Posteriormente, se llevó a cabo la dinámica molecular con Gromacs 2022 y se analizaron los resultados utilizando Bio3D en R-project (RMSF, RMSD, PCA y DDCM). Los diagramas de Ramachandran mostraron un alto nivel de calidad estereoquímica en las tres especies. El alineamiento de secuencia múltiple permitió identificar sitios activos relevantes, como W315 en α12-α13, y residuos clave (I336, T340, D343 y DF347) en α13. Además, se localizaron otros sitios activos en α21 (F484, R485 y D488) y un residuo fundamental, K504, entre α22 y α23. También se identificaron tres zonas flexibles: α7-α8, α22 (residuo 499) y α25-α26 (residuos 569-577), con movimientos superiores a 0.3 nm. El estudio evidenció una similitud evolutiva entre las enzimas de las especies estudiadas, las cuales compartieron residuos esenciales como R485, involucrado en la estabilización del difosfato y la interacción con el sitio activo.